סיווגים עיקריים של אנטיביוטיקה

על פי המבנה הכימי שלהן, ניתן לחלק את האנטיביוטיקה לאנטיביוטיקה של קווינולון, - אנטיביוטיקה לקטם, מקרולידים, אנטיביוטיקה אמינוגליקוזידים וכו'.
על פי השימושים בהם, ניתן לחלק אנטיביוטיקה לאנטיביוטיקה אנטיביוטית, אנטיביוטיקה אנטי פטרייתית, אנטיביוטיקה אנטי גידולית, אנטיביוטיקה אנטי ויראלית, אנטיביוטיקה לבעלי חיים, אנטיביוטיקה חקלאית ותרופות מיקרוביאליות אחרות (כגון אלקלואידים ארגוט המיוצרים על ידי חיידקי ארגוט בעלי פעילות פרמקולוגית ובעלת השפעה של כיווץ הרחם).
לפי סוגיהם השונים, ניתן לייצר אנטיביוטיקה בדרכים שונות, כגון סינתזה ביולוגית של פניצילין על ידי תסיסה מיקרוביאלית, סולפונאמידים, קווינולונים ועוד, שניתן לייצר בשיטות סינתזה כימית; ישנן גם אנטיביוטיקה חצי סינתטית, שהן נגזרות שונות המיוצרות על ידי שינוי המבנה המולקולרי של אנטיביוטיקה המיוצרת על ידי ביוסינתזה בשיטות כימיות, ביולוגיות או ביוכימיות.